El Banco es continuador de una serie de bancos de histórica presencia en Argentina como fueron Banco Mercantil Argentino, pionero en el negocio de Plan Sueldo, Banco de Río Negro, líder en la región patagónica, Banco Caja de Ahorro, precursor en la incorporación del negocio de seguros al sector bancario, y Lloyds TSB Bank plc Sucursal Argentina, fundada antes que el Banco Central hace más de 140 años. Los legados de estas instituciones y las demás que forman parte hoy del Banco, representan un activo de gran valor para el Banco y un elemento competitivo diferenciador.
La compañía brinda servicios financieros a clientes invididuos, pymes, micropymes y grandes empresas. Actualmente, es el sexto Banco en importancia del país.
Banco Patagonia cotiza en la Bolsa de Comercio de Buenos Aires y en el Bovespa, en Sao Paulo. Actualmente, forma parte del índice de referencia de la Bolsa de Buenos Aires.
Durante 2011, el 58,96% del capital social de Banco Patagonia pasó a manos del accionista controlante, Banco do Brasil, con la intención de continuar siendo uno de los principales bancos del Sistema Financiero Argentino.